Alianza Lima se proclamó en forma brillante Campeón Nacional del fútbol peruano 2006 al vencer 3 - 1 al Cienciano de Cusco, en la segunda final jugada en el estadio de “Matute”. Justicia total para lo que fue toda la temporada 2006, ganó “el equipo del pueblo” en forma inobjetable el “Apertura”. Tuvo una racha de 16 partidos invicto y un juego que deleitó a sus seguidores que colmaron, a lo largo y ancho de todo el país, las canchas donde se presentaba su equipo.
Se dice que después de que se está abajo no se puede bajar más entonces lo que vendrá será mejor. Así asumió Gerardo Pelusso la conducción técnica, con un equipo que venía de una muy mala performance, pero tuvo un giro radical. Y es que el cuadro blanquiazul culminó la primera parte del año, Torneo Apertura 2006, con cifras verdaderamente inobjetables.