La temporada 2008/2009 se inició con la conformación del plantel, que sufrió más bajas que altas. Se fueron Fornaroli, Bertolo, Cardacio, Barone, Perrone y el argentino Pereyra, entre otros, y llegaron Matías Rodríguez, Matute Morales, el Cacique Medina y Jorge Cazulo, y continuó con la obtención del torneo Apertura al ganarle 2-1 la final a Danubio, de atrás y con un hombre menos.

De 15 partidos disputados, Nacional ganó 10 (entre ellos venció a Peñarol), empató dos y perdió tres. Terminó el Apertura igualado con Danubio, ambos con 32 puntos. La final se disputó en el Centenario. A los 36 minutos abrió el marcador Sergio Rodríguez para Danubio y a los 51 Nacional sufrió la expulsión de Adrián Romero. Pero el equipo se sobrepuso a las adversidades y a los 60 igualó Álvaro Fernández (jugador prácticamente desconocido en Uruguay y que Pelusso reflotó de México, dándole tanto resultado que terminó de titular en la selección uruguaya), marcando Santiago García el tanto de la victoria y del título del Apertura a los 77 minutos.

Con medio campeonato Uruguayo bajo el brazo, Nacional se aprontó para jugar la Copa Libertadores 2009, sufriendo las bajas de Ligüera, Melo, Vera y Alexis Viera, e incorporando a Federico Domínguez, Muñoz, Mondaini, Biscayzacú y Martín Rodríguez.

Salteó la primera fase con suma facilidad, invicto, con goleadas fantásticas frente a Nacional de Paraguay en Asunción, a River Plate argentino y San Martín de Perú. Luego, la CSF decidió que no se jugara frente a San Luis de México por la pandemia de gripe A que azotaba al país azteca y Nacional se clasificó a cuartos de final, donde eliminó al poderoso Palmeiras. En semifinales cayó frente al que sería campeón, Estudiantes de La Plata, en dos partidos muy ajustados.

En medio de posiciones tan importantes en la Libertadores, Nacional comenzó a jugar las finales del Uruguayo frente a Defensor, campeón del Clausura. Pero con un condimento que engrandece aún más el título logrado posteriormente. Como Defensor fue el equipo que más puntos sumó en la tabla Anual, tenía la ventaja de que con una victoria y un empate frente a Nacional sería campeón Uruguayo. El primero y segundo choque terminaron 1-1, pero Defensor seguía con beneficios, es decir que si ganaba el tercero, sería el campeón. Pero la victoria fue para Nacional con un contundente 3-0.

Sin embargo no fue campeón, porque Defensor seguía teniendo utilidades de acuerdo a la reglamentación del fútbol uruguayo y había que jugar una nueva serie de dos o tres partidos. El primero lo comenzó ganando Defensor, pero Nacional lo dio vuelta y terminó 2-1. El otro, quinto partido consecutivo entre ambos, fue el decisivo. Nacional volvió a ganar 2-1 y logró el anhelado Campeonato Uruguayo, título que los tricolores no conseguían desde la temporada 2005/2006. Festejadísimo título, porque por más grande que sea la institución, siempre hay lugar para más gloria.

Después de la vuelta olímpica el técnico Gerardo Pelusso se retiró del club por decisión propia y con todos los honores. Los directivos le hicieron un homenaje al cuerpo técnico y le entregaron la llave para que regresaran cuando quisieran.

EL INICIO

La historia había comenzado el 10 de octubre de 2007, una mañana lluviosa, cuando Pelusso, Larriera y Carballo tomaron contacto por primera vez con el plantel tricolor en Los Céspedes. El Apertura de ese año transitaba por la octava fecha, con dos partidos ganados, cuatro empatados y dos perdidos. Nacional ocupaba la décima ubicación.

En el debut pierde contra Danubio, pero luego le gana a River Plate (hacía una gran campaña de la mano de Carrasco), Liverpool, Tacuarembó y Progreso, y empata frente a Peñarol y Cerro. Al cabo del torneo, termina cuarto junto a River Plate y Juventud.

Al inicio de 2008 se realizan algunos retoques en el plantel y logró el tercer puesto en el Clausura (venció 4-0 a Defensor, para muchos el mejor equipo del medio, y 6-3 a River Plate, después de ir perdiendo 0-3) y es eliminado en octavos de final de la Copa Libertadores, donde tiene partidos memorables durante la primera fase, como la noche que venció 3-0 al poderoso Flamengo en el Parque Central.

Demostrando que estaban por el buen camino, de inmediato Nacional fue campeón de la Liguilla, el torneo en el que participan los mejores equipos del año por un lugar en las copas internacionales. Como si fuera un presagio del futuro, el rival en la final de aquel campeonato fue Defensor Sporting y el triunfo fue para Nacional por 1-0. El gol lo convirtió Santiago Morro García, delantero de 17 años que Pelusso ascendió a Primera y que ese día, 27 de julio de 2008, debutó en Primera.

Aquella primera temporada fue el punto de partida de un ciclo que terminó con una campaña excepcional el año siguiente.